เจอร์เมน เดโฟ เกิดที่เขตเบ็คตอน เมืองนิวแฮม ในมณฑลเกรเทอร์ลอนดอน, สหราชอาณาจักร มีพื้นฐานครอบครัวมาจากประเทศในแถบทะเลแคริบเบียน โดยแม่ของเขาเป็นชาวเซนต์ลูเชียและพ่อเป็นชาวโดมินิกัน เดโฟเริ่มเข้ารับการศึกษาในระดับชั้นประถมที่โรงเรียนประถมเซนต์ โจอาคิม และศึกษาต่อในระดับมัธยมที่โรงเรียนเซนต์ โบนาเวนเชอร์ส คาทอลิก ภายในเมืองนิวแฮม

เดโฟ ได้มีโอกาสเล่นฟุตบอลระดับสมัครเล่นกับ สโมสรฟุตบอลเซนรับ ที่ลงแข่งขันในซันเดย์ ลีก โดยสโมสรแห่งนี้มีชื่อเสียงในระดับท้องถิ่นและเคยผลิตนักฟุตบอลชื่อดังอย่าง ลี โบว์เยอร์ , จอห์น เทอร์รี, แอชลีย์ โคล และเล็ดลีย์ คิง หลังจากนั้นเขาได้การคัดเลือกให้เข้าสู่ศูนย์ฝึกฟุตบอลระดับสูงของสมาคมฟุตบอลอังกฤษ ในปี ค.ศ. 1997 ในขณะอายุได้เพียง 14 ปี โดยขณะอยู่ที่ศูนย์ฝึกของสมาคมฟุตบอล เดโฟ เข้ารับการศึกษาที่โรงเรียนอิดซอลล์

ที่ศูนย์ฝึกฟุตบอลของสมาคมฟุตบอลอังกฤษ เดโฟ ได้รับความสนใจจากสโมสรฟุตบอลชาร์ลตัน แอธเลติก ที่ดึงตัวเขาเข้าร่วมศูนย์ฝึกเยาวชนของสโมสร ก่อนที่เขาจะเซ็นสัญญาเป็นนักฟุตบอลอาชีพกับสโมสรฟุตบอลเวสต์แฮม ยูไนเต็ด